Volgens de wet van schuimgroei en afname van het fermentatieproces zijn er twee manieren om PMI-schuim te beheersen: een daarvan is om de kans op schuimvorming te verkleinen, door de samenstelling van het medium aan te passen, zoals minder toevoegen of langzaam verhogen van de samenstelling van het medium dat gemakkelijk schuimt, en het veranderen van bepaalde kweekomstandigheden, zoals pH, temperatuur, beluchtingssnelheid , roersnelheid of het veranderen van het fermentatieproces om te controleren.

Het voordeel van mechanisch ontschuimen is dat er geen vreemde stoffen in de fermentatiebouillon hoeven te komen, grondstoffen worden bespaard, de kans op verontreiniging wordt verkleind en het nageschakelde extractieproces niet wordt belast. De werking van PMI-schuim is echter vaak niet zo snel en betrouwbaar als het ontschuimingsmiddel. Het vereist bepaalde apparatuur en verbruikt een bepaalde hoeveelheid stroom. Het grootste nadeel is dat het de vorming van schuim niet fundamenteel kan elimineren, daarom wordt het vaak gebruikt als een aanvullende methode om schuim te verwijderen.

Mechanisch ontschuimen is een fysieke ontschuimingsmethode die bellen breekt en elimineert met behulp van sterke mechanische trillingen of drukveranderingen. Het ontschuimingsapparaat kan binnen of buiten de tank worden geïnstalleerd. Een ontschuimingspeddel kan boven de roeras in de tank worden geïnstalleerd en het schuim kan worden verpletterd door het effect van het cyclooncentrifugaalveld. Er kan ook een kleine hoeveelheid ontschuimingsmiddel aan de ontschuimingsrotor worden toegevoegd om het ontschuimingseffect te versterken. De methode buiten de tank is om het schuim uit de tank te trekken en nadat het schuim is gebroken door de versnelling van het mondstuk of de middelpuntvliedende kracht, keert de vloeistof terug naar de fermentatietank.